Le Conservatoire est géré par le Syndicat mixte Conservatoire botanique pyrénéen, créé en 1999, actuellement composé par le Conseil régional de Midi-Pyrénées, les Conseils généraux des Hautes-Pyrénées et des Pyrénées-Atlantiques, la Communauté de communes de la Haute-Bigorre et la Ville de Bagnères-de-Bigorre.
En 2007, les établissements publics co-fondateurs du Conservatoire, le Parc national des Pyrénées, l’Office national des Forêts et l’Université Paul Sabatier de Toulouse, avaient quitté le syndicat pour devenirs des partenaires de projets.